Wicked funciona como una precuela y reinterpretación del clásico El mago de Oz, contando la historia que ocurrió años antes de la llegada de Dorothy a la tierra de Oz y revelando cómo la Malvada Bruja del Oeste (Elphaba) y Glinda la Buena llegaron a ser quienes son, mientras que la segunda parte se entrelaza directamente con los acontecimientos de la película de 1939.
Wicked comienza cronológicamente mucho antes de que Dorothy pusiera un pie en Oz, narra los años universitarios de Elphaba y Glinda en la Universidad de Shiz, y se extiende a lo largo de varios años hasta que ambas brujas se convierten en las figuras que Dorothy encontrará más tarde. La película explica el origen de los icónicos compañeros de Dorothy: el León Cobarde es el cachorro que Elphaba salvó de la persecución del Mago, el Espantapájaros es el Príncipe Fiyero transformado después de intentar salvar a Elphaba, y el Hombre de Hojalata es Boq, el munchkin enamorado de Glinda que termina convertido en metal por un hechizo de Nessarose. La historia del viaje de Dorothy en El Mago de Oz en realidad solo abarca un par de semanas dentro de la línea de tiempo de Wicked, mucho más grande, que cubre muchos años y, lo más interesante, Wicked se atreve a contradecir la versión original al revelar que el Mago es verdaderamente malvado y llegó al poder a través de la violencia y la manipulación.
La segunda parte de Wicked, For Good, se entrelaza directamente con los eventos de El mago de Oz de 1939, mostrando cómo Elphaba le da los mágicos zapatos rojos a su hermana Nessarose (que Dorothy luego toma después de la muerte de Nessa), y presenta a Dorothy en la pantalla aunque sin mostrar su rostro, usándola como catalizador para el clímax de la historia entre Elphaba y Glinda. La conexión más profunda radica en la deconstrucción moral: mientras El Mago de Oz presenta una clara batalla entre el bien y el mal, Wicked revela que Elphaba se convirtió en «villana» debido a una campaña de desprestigio del Mago tras descubrir su crueldad hacia los animales que hablan, humanizando completamente a un personaje que durante 85 años fue considerado simplemente malvado. No es necesario ver El Mago de Oz para entender Wicked, pero hacerlo enriquece enormemente la experiencia al apreciar cómo cada escena recontextualiza momentos icónicos del clásico de 1939.